醫藥冷庫溫度有很多種，不同的物品所需要的儲存溫度是不一樣的，溫度為2~8℃的醫藥冷庫較為常見，常用來存放藥品、疫苗、體外診斷試劑、醫療器械等。

醫藥冷庫溫度在0~8℃是屬于疫苗庫，可用于儲存疫苗，藥劑等。

醫藥冷庫溫度在-5~1℃是屬于血液儲存庫，可用于儲存血液，藥物生物制品等。

醫藥冷庫溫度在-20~-30℃是屬于低溫保溫庫，主要用于保存血漿，生物材料，疫苗，試劑等。

醫藥冷庫還有超低溫保存庫，溫度一般在-30~-80℃，可用于保存胎盤，精液，干細胞，血漿，骨髓，生物樣品等。